Après avoir participé à plusieurs campagnes au Tonkin, Charles Borbal-Combret séjourne à Madagascar du 22 avril 1895 au 13 juillet 1897.
Il est d'abord chef de bataillon puis lieutenant-colonel au 13e Régiment d'Infanterie de Marine (13e RIMa).
Dans les derniers jours d'octobre 1896, il se distingue en conduisant une série d'opérations qui permettent de dompter l'insurrection dans une grande partie du territoire dont le commandement lui a été confié. En particulier, les 22 et 23 octobre 1896, il dirige l'attaque du village fortifié d'Ambohimasina et celle des hauteurs de l'Andrarakasina.
De nouveau en poste à Madagascar du 10 avril 1899 au 25 janvier 1901, il est d'abord lieutenant-colonel à l'Etat-Major hors cadres puis colonel au 13e Régiment d'Infanterie de Marine (13e RIMa).

Les photographies qu'il prend sur lors de ses séjours sur la grande île illustrent d'une part la vie quotidienne et les coutumes des populations locales et d'autre part de l'action colonisatrice de la France.
A Madagascar, devenue colonie après l'expédition menée par le général Duchesne en 1895, le général Gallieni est le premier gouverneur en titre.
Investi des pouvoirs civils et militaires, il parachève la conquête et l'organisation de l'île. La "pacification" consiste à rétablir l'ordre dans l'ancien royaume merina (hautes terres centrales) et à soumettre définitivement les peuples indépendants du Sud et de l'Ouest.
Parallèlement, Gallieni organise le pays en créant une administration, des institutions médicales et des établissements scolaires.
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