L'opération "Turquoise" s'est déroulée du 22 juin au 21 août 1994 avec l'accord des Nations Unies par le vote de la résolution 929. Cette dernière prévoit un déploiement français avec des objectifs humanitaires en coopération avec la MINUAR (Mission des Nations Unies au Rwanda) qui doit à court terme relever les troupes françaises engagées. Dès le vote de la résolution, un pont aérien est réalisé entre Paris et Goma, projetant ainsi hommes et matériels au Zaïre. Parallèlement, l'armée de l'Air installe une base aérienne à Kisangani. Le dispositif interarmées "Turquoise', aux ordres du général Lafourcade, se déploie au Rwanda : Gikongoro, Kibuye, Cyangugu. La première réalisation des unités est d'assurer immédiatement la protection des camps des réfugiés rétablissant un climat de confiance favorable au déploiement de l'aide humanitaire.
Dès le 29 juin, François Léotard, ministre de la Défense, vient inspecter le dispositif mis en place. Simultanément, le flux logistique s'intensifie sur l'aéroport de Goma. Le 3 juillet, un millier de personnes est évacué de Butare. Le 5 juillet, en raison de l'effondrement des forces armées rwandaises, une zone humanitaire sûre (ZHS) est créée au sud-ouest du Rwanda afin d'assurer la sécurité des réfugiés. Cette zone représente le principal théâtre d'opérations pour l'EMMIR. Le 16 juillet, la situation bascule : les troupes rebelles atteignent Gisenyi, ville frontalière de Goma, repoussant ainsi un million de réfugiés. Si, en ZHS, le dispositif français permet de parer au plus pressé et d'assurer la survie des 2 millions d'habitants de la zone et des 2,5 millions de réfugiés ; à Goma, aucune structure n'est capable de contenir ce flux massif. Au bout de quelques jours, l'épidémie de choléra se propage et les morts jonchent la ville (50000 morts). La situation sanitaire se dégrade. Malgré les faibles ressources humaines présentes, le général Lafourcade mobilise tous les moyens disponibles pour faire face à ce drame : camion citerne, soins, déploiement des équipes de la Bioforce, distribution de nourriture par le BSL, enfouissement des corps, remise en état de la piste de Goma par le génie de l'air. Face à cette débauche d'énergie, la situation se stabilise. Le mandat des troupes françaises se terminant, la passation de pouvoirs entre les unités et la MINUAR II s'effectue.