Créée le 1er juillet 1999 à partir de l'ex-établissement du matériel (ETAMAT) de Neuvy-Pailloux (sa portion centrale actuelle), la 12e BSMAT se composait initialement du centre de stockage de Bourges (ex-magasin central de rechanges et d’outillages) et du détachement de soutien de l'aviation légère de l'armée de Terre (DSALAT) chargé de la maintenance des aéronefs de l’école supérieure et d'application du matériel (ESAM) de Bourges.
Chaque année 180 véhicules passent par le site de Neuvy le Pailloux, il ne s'agit pas de réparer mais bien de donner une deuxième vie au matériel, on parle ici de régénération.